Meeresschutzgebiete (Marine Protected Areas, MPAs) sind ein Instrument, um bestimmte Areale unter Schutz zu stellen. MPAs können sowohl in internationalen als auch in Hoheitsgewässern von Küstenstaaten eingerichtet werden. In der Regel werden damit einzelne Schutzziele verfolgt. So bedeutet die Einrichtung eines MPA nicht, dass ein Meeresgebiet gar nicht mehr genutzt werden darf und damit in allen Belangen geschützt ist. MPAs werden beispielsweise ausgewiesen, damit sich überfischte Fischbestände erholen können. In anderen Fällen wird die Bodenfischerei mit Schleppnetzen verboten, um empfindliche Lebensräume am Meeresgrund zu erhalten. Fische in der Wassersäule darüber dürfen aber weiter gefangen werden. Einen umfassenden Schutz, der vom Meeresboden bis zur Wasseroberfläche reicht, bieten MPAs also meist nicht. So lässt sich beispielsweise die Schifffahrt in einem Meeresgebiet nicht ohne Weiteres einschränken, weil in den internationalen Gewässern und den Ausschließlichen Wirtschaftszonen die Freiheit der Schifffahrt gilt. Derzeit haben alle MPAs insgesamt eine Fläche von rund 12 Millionen Quadratkilometern, was nur etwa 3,4 Prozent der globalen Meeresfläche entspricht. Im Bereich der Hohen See ist nur etwa 1 Prozent der Meeresfläche als MPA geschützt. Damit ist die Menschheit noch weit von dem Schutzziel entfernt, das die Vereinten Nationen im Jahr 2010 bei der Biodiversitätskonferenz im japanischen Nagoya gesetzt haben: Demnach sollte die Menschheit bis zum Jahr 2020 mindestens 10 Prozent der weltweiten Meeresfläche unter Schutz stellen. Nationalstaaten können für ihre eigenen Gewässer MPAs festlegen. Um ein MPA in internationalen Gewässern einzurichten, müssen sich hingegen wie im Fall der NEAFC und des Charlie-Gibbs-Gebiets die Staaten, die das Meeresgebiet nutzen, über das gemeinsame Schutzziel einig werden. In manchen Fällen hat das bis heute die Ausweisung von MPAs verzögert oder ganz verhindert. Nach Meinung von Experten gibt es heute zu wenige Schutzgebiete. Außerdem liegen die wenigen, die es gibt, zum Teil sehr isoliert voneinander. Im Sinne des Arten- und Lebensraumschutzes wäre es sinnvoller, Schutzgebiete in einem überregionalen Netzwerk zu verknüpfen, weil viele schützenswerte Arten oftmals weiträumig verbreitet sind.