Kobaltkrusten entstehen, wenn Metallionen im Wasser mit Sauerstoff zu Oxiden reagieren, die sich auf dem Fels der Seeberge ablagern. Oxide und damit auch Kobaltkrusten können sich also nur dort bilden, wo das Meerwasser ausreichend Sauerstoff enthält. Paradoxerweise aber finden sich an Seebergen die mächtigsten Kobaltkrusten in der Nähe der Tiefenzone, in der das Meerwasser am wenigsten Sauerstoff enthält. Diese sogenannte Sauerstoffminimumzone umfasst in der Regel einige Hundert Meter und liegt in den meisten Meeresgebieten in einer Tiefe von 1000 Metern. Sie entsteht, weil durch den bakteriellen Abbau von herabrieselnder, abgestorbener Biomasse der Sauerstoff im Wasser aufgezehrt wird. Da das Wasser hier nicht mehr durch Sturm und Wellen vermischt wird, dringt kaum neuer Sauerstoff in die Tiefe vor. So dürften sich theoretisch weder Oxide noch Kobaltkrusten bilden. Dieser Widerspruch lässt sich allerdings auflösen: Da in der Sauerstoffminimumzone sehr wenig Sauerstoff vorhanden ist und die Metallionen nur wenige Oxide bilden, reichern sich die Ionen im sauerstoffarmen Wasser an. An Erhebungen im Meeresboden wie etwa Seebergen aber strömt sauerstoffreiches Tiefenwasser vom Meeresboden empor. Das kann beispielsweise Meerwasser sein, das um den Südpol stark abkühlt, bis zum Meeresboden absinkt und sich in der Tiefe ausbreitet. An den Seebergen gelangt dann punktuell mit diesem antarktischen Tiefenwasser Sauerstoff in das mit Metallionen angereicherte sauerstoffarme Wasser, und es bilden sich metallreiche Oxide, die sich dann als Niederschlag auf den Gesteinsoberflächen absetzen und im Laufe der Zeit die Krusten bilden.